[아유경제=서승아 기자] 1세대 1주택으로 조합원 입주권이 양도됐더라도 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제는 관리처분인가 전의 양도차익에 한정된다는 판결이 나와 이목이 집중된다.

최근 대법원은 양도소득세 경정거부 처분 취소를 구하는 소송의 상고심 선고에서 원심(서울고등법원)의 판단이 정당하다는 판결을 내렸다.

재판부는 “2013년 1월 1일 개정되기 전에 「소득세법」 제95조제1항은 1가구 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정했을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1가구 1주택인 경우와 그렇지 않은 경우를 따로 구분하지 않았고 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원 입주권이 추가돼 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다”며 “장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함돼 있는 양도소득에 대해 물가상승분을 공제해 주기 위해 마련된 제도라는 점에 비춰볼 때 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원 입주권에 대해서는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위해 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분인가 전으로 한정한 것이다”고 판결했다.

이어 재판부는 “2015년 12월 28일 개정되기 전 구 「소득세법 시행령」제155조제17항에 따라 제154조제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원 입주권의 양도차익 중 ‘관리처분인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 해서 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원 입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니다”라고 판시했다.

앞서 서울고등법원 판결에 따르면 원고는 1987년 11월 25일 이 사건 주택을 취득해 서울 서초구청장은 2010년 8월 26일 이 사건 재건축사업에 대한 관리처분인가를 내렸다.

이에 따라 원고는 이 사건 조합원 입주권을 취득한 후 2015년 1월 20일 26억 원에 양도했다. 원고는 2015년 4월 27일 이 사건 조합원 입주권의 전체 양도차익 중 관리처분인가 전에 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용해 양도소득세 2억2076만3441원을 신고 및 납부했다.

그 후 원고는 2015년 6월 9일 피고에게 1세대 1주택으로 의제되는 이 사건 조합원 입주권은 9억 원을 초과하는 고가주택으로서 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제가 적용돼야한다고 주장하면서 양도소득세 1억2253만1588원의 환급을 구하는 경정을 청구했다.

이에 피고는 2015년 8월 7일 이 사건 조합원입주권의 관리처분인가 후의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다며 이를 거부하고 이 사건 처분을 했다.

이에 대해 대법원은 “조합원 입주권이 1세대 1주택으로 의제되더라도 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 관리처분인가 전의 양도차익으로 한정되기 때문에 관리처분인가 후의 부분에 대해서는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다”며 상고를 기각했다.

서승아 기자  koreaareyou@naver.com

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