[아유경제=정훈 기자] 실질적으로 회사 본점을 과밀억제권역 안으로 이전한 후 5년 내 이뤄진 부동산 등기가 구 「지방세법」이 정한 등록세 중과 대상에 해당한다는 법원 판결이 나왔다.

의정부지방법원 제1행정부는 지난 18일 등록세 부과 처분 취소 소송의 선고에서 이 같은 취지로 원고의 청구를 기각했다.

원고인 주식회사 K몰(대표 김모 씨)은 2006년 1월 경기 고양시 일산서구 대화동에 위치한 킨텍스 단지 내 지원단지 중 상업시설 I(아이)용지 C1 블록상 복합시설개발사업 등을 영위할 목적으로, 본점 소재지를 경기 용인시 기흥구 A동으로 정해 설립됐다. 이후 K몰은 대화동 소재 판매시설용 토지 2만3788㎡를 매수하는 매매계약을 체결, 2008년 9월 소유권이전등기(이하 이 사건 등기)를 마쳤다. K몰은 비슷한 시기 피고인 일산서구에 취득가액 670억1099만840원을 과세표준으로 하고 일반 세율을 적용해 산출한 ▲취득세 13억7989만1450원 ▲농어촌특별세 1억3528만2980원 ▲등록세 13억4021만9810원 ▲지방교육세 2억6804만3960원 등 31억2343만8200원을 납부했다.

하지만 피고가 2011년 10~11월 경기도와 합동 세무조사를 벌인 결과, “K몰은 2006년 1월 본점 소재지를 용인으로 정해 설립됐다가 같은 해 4월 이후 실질적으로 본점을 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호에 의한 과밀억제권역 내에 위치한 서울 강남구 대치동 또는 서울 서초구 방배동으로 이전했으므로, 그 이후인 2008년 9월 이뤄진 이 사건 등기는 구 지방세법(2010년 3월 31일 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항제3호 후단이 정한 등록세 중과 대상인 ‘대도시 내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입 이후의 부동산 등기’”라는 이유로 2012년 2월 원고에게 위 과세표준에 중과 세율을 적용해 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 ▲등록세 43억6444만8640원 ▲지방교육세 8억1734만1180원 등 51억8178만9820원을 부과·고지했다. 그해 3월 원고는 감사원에 이 처분에 대한 심사청구(세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권익을 침해받은 자가 국세청장 등에 그 처분의 취소·변경 등을 청구하는 불복 절차)를 제기했으나 기각당했다.

이에 K몰은 다음과 같은 근거를 들며 등록세 부과 처분의 취소를 요구했다. 먼저 ▲2006년 1월 대도시 외에 용인 본점을 설치한 후 같은 장소에 인적·물적 설비를 그대로 유지한 채 본점 본연의 기능을 다해 왔고, 분양·홍보만을 수행하기 위해 대치동·방배동 사무소를 설치했을 뿐이라고 주장했다. 이어 ▲설령 본점이 사실상 대치동·방배동 사무소로 이전됐다고 가정하더라도 이들 사무소가 소재한 서울 시내 토지도 아니고 법인의 본점 등의 용도로 직접 사용하기 위해 취득한 부동산도 아닌 이 사건 부동산은 등록세 중과 대상에 해당하지 않는다고 강조했다.

하지만 재판부는 이 같은 주장을 인정하지 않았다. 우선 원고의 본점이 실질적으로 대도시 내로 전입했는지 여부를 살폈다. 재판부는 “구 지방세법 제138조제1항제3호는 대도시 내로의 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기를 등록세 중과 대상으로 규정하고 구 「지방세법 시행령(2009년 5월 21일 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것)」 제102조제2항은 법상 ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 규정하고 있는바, 등록세 중과 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기에는 본점의 전입 등기는 이뤄지지 않았지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 본점 전입일로부터 5년 이내에 취득한 부동산 등기도 포함한다 할 것”이라고 전제했다. 이를 바탕으로 재판부는 “인정사실(법원이 당사자의 주장을 입증하기 위해 제출된 증거자료를 토대로 인정한 사실관계)에 의해 알 수 있는 사정 등을 종합해 보면 원고는 2006년 4월 이후 실질적으로 대치동·방배동 사무소에서 본점의 업무까지 수행했다고 봄이 상당하고, 원고의 본점은 2006년 4월 이후 실질적으로 대도시 외 지역인 용인시에서 대도시 내 지역인 대치동·방배동으로 전입했다고 할 것”이라고 판시했다. 또 중과 대상이 되는 부동산 등기 범위에 관해서는 “등록세 중과 대상이 되는 대도시 내로의 법인 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기는 그 법인 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기라고 규정하고 있어 중과 대상 부동산 등기의 범위에 아무런 제한을 두고 있지 않은바 원고가 대도시 내로의 본점 전입 이후 5년 이내에 취득한 이 사건 등기는 중과 대상이 되는 부동산 등기에 해당한다”고 판결했다.
 

정훈 기자  whitekoala@naver.com

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